Os classificados na primeira fase foram divididos em dois grupos de três para a segunda fase
Com o termino da primeira fase, apenas seis equipes seguem na disputa pelo título do Campeonato Ruralzão 2017. As equipes classificadas da primeira fase foram divididas em dois grupos para a sequência da competição.
No grupo D ficaram Sociedade Rancho Alegre, Canarinho e Sport Conquista; já o grupo E foi formado pelas equipes Treze, Asproser/Conquista e Cruzeirinho B. nesta etapa, segundo a organização, as equipes jogam entre os grupos, ou seja, os times do grupo D contra os times do grupos E, classificando-se para a semifinal os dois melhores pontuados ao término da segunda fase.
A primeira rodada desta fase será no Campo do Cruzeirinho no domingo, 16, com o primeiro jogo agendado para às 08h00 entre Sociedade Rancho Alegre e Treze; às 09h00 o confronto é entre Sport Conquista e Asproser/Conquista; e fechando a primeira rodada o Canarinho encara o Cruzeirinho B às 10h00.
